蛋白配体互作

本文以AP和LDHB_MOUSE互作为例，进行说明

软件配置

Autodock

AutoDock软件的安装（Windows）
注意：必须要把Autogrid.exe，Autodock.exe，adt.bat，proten.pdb，ligand.mol2(pdb)几个文件放在同一路径下。

PyMol

PyMol因为配置起来比较繁琐，而且它依赖的Python环境可能会和AutoDock冲突，因此推荐使用Anaconda安装，或者直接放包就行

文件准备

从UnitPro和Pubchem中下载蛋白和配体结构文件，这里UnitPro中找到的LDHB_MOUSE只能找到他的Alphafold2预测结构，但是可信度较高，故选用其pdb文件.

小分子配体

小分子在Pubchem上搜索，并在3D Conformer中下载SDF文件

蛋白PDB文件

可在PDB或者在UnitPro中下载

小分子文件转换

因为AutoDock不支持.sdf文件，因此需要用mglTools文件夹（见AutoDock安装）中openbabel文件夹下的obgui.exe
将.sdf文件转换为.pdb文件，记得加后缀。

结构预处理和对接

参考链接：
蛋白受体文件的预处理
配体小分子的预处理
AutoDock对接操作与对接结果解读
以上三步获得结果文件后，可以在AutoDock中进行初步的可视化和氢键的观察
AutoDock对接操作与对接结果解读

PyMol可视化

1. 用OpenBabel将result.pdbqt转化为result.pdb，步骤同上，最后用PyMol打开
2. 先选中小分子，使其在右侧栏显示出来，随后将蛋白质以Surface方式显示，小分子以Stick方式显示即可。